کاوه مدنی در بهمن ۱۳۹۶ (فوریه ۲۰۱۸) در جریان زندانی شدن فعالان محیط زیست متهم به جاسوسی مدتی بازداشت شد. بعدتر پس از پایان سفری کاری به خارج، دیگر به ایران بازنگشت و از سمتش استعفا کرد.